牧场放养的家禽、猪和肉牛粪肥中的抗生素耐药性、抗生素残留和细菌群落多样性

Michael James Rothrock，Jr，Byeng Ryel Min，Lana Castleberry，Heidi Waldrip，David Parker，David Brauer，Dipti Pitta，Nagaraju Indugu

微生物动物粪肥可能是耐抗生素基因（ARGs）和药物残留的一个来源；然而，很少有研究评估牧场放养动物生产系统中ARG的存在。本研究的目的是检测三个含有不同的动物物种：牧场放养的家禽（肉鸡和蛋鸡）、猪和肉牛的农场的微生物群落多样性的变化和抗生素残留（ABRs）的存在。采用16S rRNA微生物组分析测定总的细菌群落，而特异性ARGs（磺酰胺[Sul；Sul1和四环素[Tet；TetA]）通过qPCR（real-time PCR）进行计数。

结果表明，蛋鸡粪肥中的ARG丰度（Sul1（P < 0.05）和TetA（P < 0.001））增加了（16.5×10⁻⁴和1.4×10⁻⁴μg/kg），其次是肉鸡（2.9×10⁻⁴和1.7×10⁻⁴μ/kg），然后是猪（0.22×10⁻⁴和0.20×10⁻⁴μg/kg），最后是肉牛（0.19 × 10⁻⁴和0.02 × 10⁻⁴ μg/kg）。与其他动物（1.8 ~ 0.06 μg kg−1）相比，肉鸡粪便TetA ABR均值（11.4 μg kg−1）有增加的趋势（P = 0.09）；而各种动物间金霉素、林可霉素和土霉素的ABRs是相似的。农场之间以及各物种之间粪便微生物的丰富度和丰度差异极显著（P < 0.01）。